臺灣地區在二十世紀前半葉以農業為主的時代，環境衛生的問題主要為飲水、廢污、病媒及食品等傳統問題。六十年代以後臺灣的經濟結構逐漸改以出口貿易為主，隨著製造業和養殖業的大幅擴展、人口的快速膨脹，以及個人消費的激增，出現了嚴重的廢氣、廢水、土壤污染、噪音、輻射、毒性化學物質以及固體廢棄物等環境污染問題。由於農業時代傳統的環境衛生工作未臻完善，又因在都市化與工業化過程中缺乏有關環境衛生的長遠性及全盤性規劃，因此在即將進入廿一世紀的前夕，臺灣地區同時面臨嚴重的傳統環境衛生問題以及產業結構轉型後的環境污染問題。二、三十年來環境品質的持續惡化已經嚴重影響國民的生活品質與身心健康。特別嚴重的環境衛生問題包括：1. 約有15％的人口尚無法享用良好水質的飲用水。2. 在50條主要及次要河川中已有60％下游河段受到污染。3. 現有21座水庫的水質約有40％被評定為不良。4. 空氣污染指標PSI大於100（對健康有不良影響）的每年日數百分率十年來均在15％左右。5. 臺北市及高雄地區均能音量大於65分貝（不適合人類生活及居住）目前仍在10％以上。6. 截至1993年底已發現二百多戶房屋受到輻射污染。7. 根據官方統計，近年來每年發生70件以上的食品中毒事件，中毒人數每年超過2000人。實際中毒發生率可能要比官方登記數字多出數倍。8. 食品衛生檢驗不合格者每年均在10％以上。9. 食品廠商衛生檢查不合格者超過20％。10. 食品販賣場所衛生檢查不合格者超過10％。11. 以臺灣地區總面積計算，每平方公里每年使用農藥高達1.25公噸。12. 登革熱於1988年在南部大流行後仍未完全根除，1994年仍有超過126個病例。13. 每人每日平均生產1.09kg的一般廢棄物，其中尚有30％沒有妥善處理，往往導致二次公害。14. 約有三萬公頃的土壤受到嚴重的重金屬污染，已劃為鎘污染休耕農地計約106公頃，可能尚有許多未及調查清楚之處。15. 化學災變仍甚頻繁。16. 營業衛生之管理尚未立法，因此對與環境衛生相關之營業場所的衛生檢查在執行上倍感困難。目前臺灣環境衛生問題的種類複雜，範圍龐大，而程度又極嚴重，之所以導致目前的嚴重程度，並不僅源自產業結構與生活型態的轉型，行政管理與預防教育兩項工作未能在環境衛生逐漸惡化的過程中及時有效推動也是重要原因。因此在訂定廿一世紀環境衛生政策時應從科技、管理與教育三個層面同時考慮。一、環境衛生科技政策1. 強調科技研究的深度：培養專業研究人才進行持續性的長期研究，以求對問題的特性與解決方法有整體及深入的了解。2. 強調科技研究的整合：培養專業研究人才進行整合性的研究，融入污染預防的觀念，以謀求根本解決污染問題。3. 強調科技的本土化：在引進環境衛生科技時應考量臺灣地區環境條件所引起的特殊性，以確認其適用性。二、環境衛生管理政策1. 整合地方環境保護主管單位：地方環境保護主管單位不應依照行政區域設置，而應依照自然環境區域（如空氣流域、水流域）予以整合，以提高行政管理效率，並可藉由管理面積之擴大增加人力及經費。2. 加速嚴重污染地區的整治：對嚴重污染的河川和土壤應全面訂定整治計劃，安排整治日程，務期於 2010 年以前完成整治工作，以提供一個符合健康生活的環境。3. 加強環境保護法規的執行與修訂：環境保護主管單位的人力與預算都應增加，才能有效執行各項法規，並在執行過程中根據經驗以及新的觀念持續對法規加以修訂。三、環境衛生教育政策1. 在國民教育加強衛生教育：在現有課程中融入相當份量的環境衛生教材，使學童能及早建立正確觀念，並能在學校活動及日常生活中實踐減少污染、預防污染的行為。2. 建立繼續教育體系以推動環境衛生教育。3. 獎勵大眾傳播媒體宣傳環境衛生觀念。