兩岸自從1987年開放探親以來，隨著交流類別與數量的增加，漸漸出現要求「直航」的聲浪。而金、馬地區因受地理環境、資源貧瘠等因素影響，發展程度遠不及台灣本島，加以1992年戰地政務解除後，因駐防官兵減少，經濟發展益發不易，更殷切盼望政府能開辦金馬與對岸的合法經貿交流管道。在幾經波折下，立法院於2000年3月通過「離島建設條例」，於2001年1月1日開始施行「金門-廈門」與「馬祖-福州」間的「小三通」。「小三通」實施之前，大陸與金馬、台灣官民的看法各不相同。實施之後，由於政策制訂未臻周全及未經兩岸協商，以致在政策、經濟，社會，軍事各層面產生許多爭議性問題。而在經濟發展、安全保障與兩岸關係等方面的實施成效亦不如預期理想。然就小三通本身而言，其對金馬地區經濟發展的重要性、在兩岸關係的連結上、在直航前對談的基礎上、以致於在美國的台海戰略利益上，都確有其續存的需求性。因此如何改善中央政府的政策與如何加強金馬地方政府的發展基礎，便成為支撐小三通續存的基本條件。