信仰宗教的自由是一項非常重要的公民自由權利，許多國家的憲法皆規定了信教自由權，聯合國的世界人權宣言也載入信教自由權條款。但是，宗教與國家在建立共同體意識與社會價值體系的過程中，由於不同的歷史經驗而出現各種分工、合作或衝突等模式，進而導致信教自由權與衍生之政教分離原則在現實上出現相當大的落差，甚至影響到信教自由權與政教分離原則的學術討論。
日本「政教分離」的歷史經驗及其演變，可以說是相當具有特殊研究意義的個案。特別是自明治維新以來，由於宗教與政治的緊密關係，促使宗教的神道與政治的天皇制結合為國教體制，出現所謂「神道國教」，最後還導致日本走向軍國主義與對外發動侵略戰爭。二次大戰後，在盟國佔領軍的主導下，日本憲法明文規定「政教分離」原則，神道與國家進行分離，神道與其他宗教處在相同的位置。然而在現實上，日本各界對於政教分離原則仍有不同的見解，進而表現在日本各界一直爭吵不休的議題：日本首相能不能參拜靖國神社？
本文針對此一爭議議題及其所涉及之政教分離原則，運用「歷史─結構」的分析架構，一方面從宗教與國家如何影響與建構共同體意識與社會價值體系之分析角度，提出比較深入的探討，也期望日本各界能以民主政治之理念與智慧來化解此一爭議議題。

The Japanese Constitution promulgated after World War II calls for the separation of religion and the state. This principle is intended to protect the individual's freedom of thought and conscience, while at the same time helping to keep the government's actions on a rational footing. But from the Japanese historical experiences, the practices of the principle of "separation of religion and state" seem different from the cases of Western democratic countries. Japanese politicians should find a good resolution to operate the principle of the "separation of religion and state".