農產非食用部位的二次代謝物常具有生理活性，適合應用為保健、健康食品功效成份，甚至作為醫藥品原料。許多耳熟能詳的保健成份都來自農產業副產品，例如：綠茶提取物茶多酚、葡萄皮紅（葡萄皮提取物）、大豆異黃酮素、番茄红素等。
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