98年8月8日因莫拉克颱風帶來超大豪雨造成太麻里溪溪水暴漲，導致太麻里溪潰堤，滾滾洪水夾帶大量土石沖刷太麻里溪溪口一帶，使得位於溪口北岸的太麻里海岸植物園遭洪水淹沒沖毀。植物園經此重創，地貌及土壤完全改變，由於全球暖化造成氣候變遷，面對極端氣候潛在風險，災後海岸植物園的經營方式，改為營造海岸複層林及貧瘠地造林試驗專區，提供從事平地綠化及逆境造林試驗為經營目標。
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